در ژاپن معاصر، گروهی از نینجاها به‌صورت مخفیانه در میان مردم زندگی می‌کنند. یکی از آن‌ها کورو کوموگاکوره، نینجایی کم‌کار و منزوی است که ناگهان مأموریتی خطرناک دریافت می‌کند: نفوذ به یک دبیرستان به عنوان پوشش. این مأموریت نه‌تنها زندگی او را تغییر می‌دهد، بلکه او را درگیر نبردی مخفی میان دو سازمان نینجایی قدرتمند می‌سازد.