دو سال پس از آخرين جنگ با سفيرات (Sephiroth) می گذشت. رافوس شينرا (ShinRa) سعي كرد دوباره شهر بزرگ را درست كند.اما در راه ساخت ،سه مرد در مقابل او ايستادند.اين سه مرد به دنبال مادرشان ميگشتند و سعي داشتند سفيرات را دوباره برگردانند.از اين رو كلود (Cloud) دوباره مجبور شد در مقابل كسي قرار بگيرد كه تهديد كرد دنيا را نابود خواهد ساخت.