سال 2015 . فرشته ها دوباره برگشته اند . در سال 2000 ، به دليل برخورد شيئي فرا زميني با نام Angel ، تقريبا نيمي از جمعيت زمين از بين رفته است ... تشکيلاتي با نام Nerv با طراحي و ساخت روبوتهاي نيمه مکانيکي که با قرار دادن نوجواني در آنها و بهره گيري از قدرتهاي ذهني انها حرکت مي کند ، درصدد مقابله با اين موجودات فرازميني است . نوجواني با نام شينجي که پدرش مديريت مجموعه Nerv را برعهده دارد ، براي خلباني دومين روبوت ساخته شده سازمان که به نام اونگليون شناخته مي شوند به مقر اين سازمان در Tokyo3 که در زير زمين قرار دارد فراخوانده مي شود ... اما ، پدر به سردي با وي برخورد مي کرده و او دچار چند گانگي افکار مي شود ... اين موضوع در برخورد با ساير نوجواناني که براي خلباني EVAs ( اونگليون ها ) انتخاب شده اند تشديد مي شود ...